به گزارش سینماپرس، همزمان با پخش مستند ۱۰ قسمتی «داستان اتم» از شبکه سوم سیما، برخی از رسانه‌ها و چهره‌های جریان وابسته به دولت، حمله به این برنامه تلویزیونی را در پیش گرفتند. ازجمله اینکه خبرگزاری دولتی ایرنا، بدون توجه به ده‌ها واکنش مثبت و تحسین‌آمیز به این مستند در فضای مجازی، تنها به موارد انگشت شمار نوشته‌های فعالان رسانه‌ای جریان اصلاحات در انتقاد به «داستان اتم» ‌اشاره کرد.
همچنین علی مطهری، از نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس شورای اسلامی با انتشار یادداشتی به این مستند حمله کرد و نوشت: مستند داستان اتم «گاندوی دوم» بود.
اما احمد کشاورز، کارگردان «داستان اتم» در واکنش به انتقادات و حملات اصلاح‌طلب‌ها به این مستند، در گفت وگویی با روزنامه جوان اظهار داشت: «ما هیچ نیتی برای انتقاد از دولت نداشته‌ایم و صرفاً تاریخ را برای عبرت نقل کرده‌ایم. این مستند از خاطرات منتشر شده افرادی، چون مرحوم هاشمی‌رفسنجانی و آقای روحانی ساخته شده است، اما از زمان پخش اولین قسمت فشارهای زیادی به شبکه ۳ سیما برای جلوگیری از ادامه پخش وارد شده است و اتهام می‌زنند که ما به دنبال تخریب دولت
هستیم.»
گفتنی است، مستند «داستان اتم» در ۱۰ قسمت به بررسی چالش‌ها و فراز و فرودهای برنامه هسته‌ای کشورمان از ابتدا تاکنون می‌پردازد.